Clannad présente la vie d'un jeune lycéen, Tomoya Okazaki , qui s'avère être un recalé, également vu par les autres comme un délinquant. Plutôt lassé de sa vie, ses journées s'avèrent être trop monotones, rien qui ne relève le défi de l'intéresser. Il espère donc voir sa vie changer...